في يوم السبت الموافق 10 يناير 2009، قام قداسة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، بزيارة دير القديس الأنبا توماس السائح بالخطاطبة.
وتفقد قداسته خلال الزيارة الكنيسة الجديدة ومبنى الخدمات وقاعة الطعام.
وقد تناول قداسته والوفد المرافق له طعام الغذاء، ثم تفقد قداسته منطقة القلالى وكنيسة الرهبان.
وأشاد قداسة البابا بمبانى الدير، حيث قال: "الدير كان أرض صحراوية تحولت إلى كل هذه المنشآت. فيه كنيسة كبيرة جداً لم أتمكن من الوصول إلى آخرها. وفيه كنائس أخرى للرهبان بعيدة عن الشعب، وفيه مائدة كبيرة، وفيه أيضاً بيوت للضيافة".
