يقع الدير عند سفح الجبل الشرقي- على مسافة 16 كيلو متر شمال مدينة أخميم، على هضبة مكونة من الحجر الجيري ذو اللون الأبيض المائل للاصفرار.
يعتبر الدير من أصغر الأديرة من حيث المساحة الحالية، وهذه المساحة تمثل أقل 1000 متر مربع تقريباً.
الخرائط المساحية الحكومية حتى عام 1935 تدل على أن مساحة الدير كانت لا تقل عن عشرة الأف متر مربع، ولكن مع عوامل الزمن وتهجر الدير وكثرة العمران -أصبح الدير على مساحة حوالي 1000 متر.
تدل الأثار التي وجدت -على أن الأنبا توماس هو المؤسس الأول لهذه المنطقة ولهذا الدير، واستمر الدير حتى القرن الثامن عامراً بالرهبان، ولكنه هجر نتيجة الاعتداءات عليه.
في عام 1985 تم تكليف الراهب القمص أبرام الصموئيلي (الأنبا توماس) بالخدمة في الدير
قام الراهب القمص أبرام الصموئيلي (الأنبا توماس) - بإعادة الحياة للدير، وتعمير الدير من جديد.
وأصبح الدير الحالي يحتوى على:
- كنيسة الأنبا توماس الأثرية، وبها جسد القديس الأنبا توماس السائح.
- كنيسة السيدة العذراء مريم.
- كنيسة الملاك ميخائيل (الحصن).
- كنيسة القديس يوحنا الحبيب.
- قلالي اباء.
- بيت خلوة.
- فرن بيت لحم "لخبز الحمل والقربان"
- مضيفة.
- مكتبة.
- كانتين.
